Двадцать первый век подарил всем болельщикам Кордовы надежду. Клуб из Андалусии не только смог закрепиться в качестве постоянного участника Сегунды, но и вступил в борьбу за место в Примере.
Возвращение во второй испанский дивизион было принято с большим энтузиазмом всеми жителями Кордовы, жаждущими увидеть игру своей команды в Сегунде почти двадцать лет спустя. Тем не менее, все сезоны в этом дивизионе до вылета (2004-05) были достаточно сложными со спортивной точки зрения. Команда боролась за выживание и каждый год, фактически, находилась с веревкой на шее. Однако этот островок нестабильности всегда излучал дыхание болельщиков.

2 июля 2000 года произошло важное событие для зелено-белых: организация была преобразована в спортивное акционерное общество. Таким образом — полное наименование стало выглядеть следующим образом: Córdoba Club de Fútbol, S.A.D.

В сезоне 2005/06 Кордова снова оказалась в колодце Сегунды В, откуда смогла выбраться лишь спустя два сезона. В 2006-07 гг. «халифы» заняли лишь шестое место, что не позволило выйти в плей-офф. На следующий год, оказавшись на четвертом месте в группе, Кордова в стадии плей-офф сначала выбила Понтеведру благодаря голу, забитому на чужом поле. На Аркангеле команды сыграли в безрезультативную ничью (0-0), в гостях 2-2. На финальном этапе Кордова встречалась с Уэской. В домашних стенах была одержана победа (2-0), которая и стала решающей во всем противостоянии, поскольку в Уэске команды разошлись миром (1-1).

Возвращение клуба в Сегунду с щедростью и весельем было отпраздновано болельщиками, ведь зелено-белые вновь в профессиональной лиге. Однако мечты всех без исключения жителей города находились где-то далеко, в недосягаемой для клуба Примере. Недосягаемые в первые два сезона в Сегунде, когда андалусийцы боролись за то, чтобы не потерять свое место в этом дивизионе. Проблемы не ограничивались спортивными результатами. В недрах клуба бушевал и экономический кризис.

«Внимание, покупатели! Футбольный клуб Кордова продается. Команда, играющая в Сегунде, с задолженностью более 8 млн.евро находится в испанском городе со средней численностью 300 000 человек. Возможность для бизнеса. Заинтересованные, обращайтесь в офис клуба» — такое объявление можно было бы увидеть, если представить его в одной из местных газет. Клуб уже более 6 месяцев находился в ситуации временного исполнения обязанностей из-за экономического кризиса, который испытывал владелец клуба — Праса. В команду были необходимы вложения новых инвестиций.
Президент, Хосе Мануэль Салинас признавал, что клуб получил семь более менее конкретных предложений о покупке. «Мы уверены, что это очень привлекательный продукт, который не требует больших начальных вложений, но предоставляет много возможностей в будущем» — оценивал свой проект президент клуба.

Потенциальные покупатели должна выплатить 3 млн. евро, в которых нуждается Кордова, чтобы закончить сезон 30 июня. «Остальной долг мог бы быть разделен на мелкие части без особых проблем» — объяснял Салинас. Идея Прасы состояла в том, чтобы обеспечить стабильность клубу до окончания Сегунды и тем самым способствовать подготовке будущего проекта для клуба» — сказал президент. Кажется, руководители были осторожны при продаже клуба, чтобы не попасть в руки спекулянта. По-другому, сложно объяснить необходимость первой выплаты для потенциального покупателя.

Ситуация долгое время казалась неясной. Состоялось несколько пресс-конференций, на которых было объявлено что команда переходит в новые руки. Конечно, оба раза владельцами оказывались разные претенденты. Сначала клуб объявил о продаже всех акций Прасы фирмам, якобы представляющих бизнес владельцев итальянского клуба «Катанья». Но сицилисцы в скорости отказались от своих намерениях по причинам, в которые не углублялся Салинас.

Не заставила себя ждать и другая версия, связанная с бизнесменом Виктором де Альдамой, который уже пытался выкупить клуб несколько лет назад. Он является президентом компании под названием Сигмум, и как утверждал Салинас, его деловые отношения распространяются на нефтебизнес в Эквадоре, Нигерии и Гвинеи. Альдама публично подписал договор купли-продажи в присутствии нотариуса, а также сдал на хранение в банк три миллиона евро. Клуб долго ждал перечисления обещанных средств, но они так и не поступили на счета Кордовы. Соответственно, договор был расторгнут.

Третий вариант, распространенный в то время в прессе также походил на сериал. Якобы один из арабских инвесторов заинтересован в покупке клуба. Позже, Прасе таки придется расстаться с клубом, ведь источники близкие к нему не единожды подтверждали тот факт, что он экономически не сможет потянуть свое детище.

Покупатель нашелся среди местных «богатеев». Им стал Карлос Гонсалес, также не обладающий сверхкапиталом. Он стремится привлечь болельщиков на стадион, а также найти инвесторов среди местных предприятий и учреждений. Не чужды ему и учредительный проблемы. Так, до сих пор вызывает некоторые вопросы бухгалтерская отчетность и неознакомление с ней мелких акционеров.

Тем не менее, клуб набирает свои позиции на спортивной арене. И если в течении периода времени с 2007 по 2009 года клуб боролся за выживание, то в сезоне 2009/10 занял 10 место.

Лучший же результат в 21 веке был достигнут в прошлом году, когда клуб под руководством Пако Хемеса пробился в плей-офф за место в Примере и уступил его будущему победителю Вальядолиду. Тренер ушел на повышение в Райо Вальекано, в то время, как его дело пытается поддержать Рафа Берхес, личность, не чуждая футбольному миру.

Обладатель золотой олимпийской медали в Барселоне прививает своей команде атакующий стиль игры, владение мячом, игру в пас. В этом сезоне команда дошла до 1/8 Кубка Короля, где встречалась с Барселоной. Неплохая репетиция перед Примерой. Болельщики Кордовы скучают по элите испанского клубного футбола.